Spolupráca Bioeconomy Cluster s inými klastrami, prípadne subjektmi pôsobiacimi v oblasti bioekonomiky, prebieha na národnej, ale aj medzinárodnej úrovni.

Klaster sa orientuje na riešenie spoločných projektov so zameraním na oblasť bioekonomiky, ktoré dopomôžu k rozvoju jeho členov, k inováciám, transferu poznatkov a technológií a k riešeniu problémov jednotlivých členov klastra. V rámci medzinárodnej spolupráce sa klaster orientuje najmä na európske krajiny.